【ハゼ】ハゼ・・・ゴクラクハゼとニジイロボウズハゼと交雑しますか？

その2つはグループが離れてるから無理。
少なくとも同じ属内で、それも遺伝的な距離が近いチチブとヌマチチブとかそんな感じ。
生物全般だと形態的に大きな差があっても遺伝的な距離が近くて、同じグループ内の多くの種類が交雑しまくるうえ
その子孫も繁殖力を持ってるケースっていうのがあるので、見た目ではちょっとわかりにくいかも。

交配するかどうかはやってみないとわからない
哺乳類ですら染色体の数が違うのに交配することもある

遺伝的距離っていうのは染色体の数云々ってことじゃないけど
哺乳類のたとえはウマとロバとかの動物園などでよくある同属間交配の話だと思う。
哺乳類自体の歴史は魚よりも浅いので、全体的な遺伝的な近しさはそれ相応のものかと。
魚の場合はとりあえずは属が違えばまず交配しないと考えた方がよいかと。
逆に交雑可能となると属の区分自体が適切でないって感じ。
一つの種類で遺伝的に多様な場合もあるし、遺伝的に差異は少なくても種類が沢山記録されてることもあって
植物の場合はありとあらゆるものがテキトーなので、
研究者の都合で亜科が科に格上げされたりするのが竹の仲間で、
遺伝的には殆ど差がなくてもどんどん新種が記載されるのがテンナンショウの仲間とか。
・・・ってことで属間交配っていうのはやたら細かく分けすぎてるグループではふつーに成立してる。

ハゼについては向井博士が系統樹データベースを公開してたけどコンテンツが削除されてたのが残念。

魚類も適当だよ
Y染色体欠損してても普通に発生するんだぜ？

魚の交雑は適当だよ
有名どころのコイフナは自然界で属違い交雑してる
ハゼは汽水域に多く棲息して大陸、海岸線、河川に分断されて種を増やしてきたけど遺伝子で分類したら地域固有種で片付けられそうなもの多そう
魚は交雑種簡単に作出できるから出来た品種にわざわざ不妊処理するぐらい

まあ単為生殖まであるコイ科はともかくボウズハゼとゴクラクハゼは交雑しないと思う。

まあきりがなさそうなのでハゼはマハゼでもウロハゼでも交雑しまくるでいいや。